শিক্ষার সুষ্ঠ পরিবেশ বিরাজ করায় বিগত ১৯৮৮ সন থেকে বিদ্যালয়ে নিয়মিত প্রাইমারী বৃত্তি পরীক্ষার কেন্দ্র চালু হয়। ১৯৮৬ সনে এস.এস.সি পরীক্ষার কেন্দ্র হিসাবেও বিদ্যালয় ব্যবহার করা হয়। সরকারি ও স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠানের নিয়োগ পরীক্ষার কেন্দ্র হিসাবেও ব্যবহার হয়ে থাকে।
বিদ্যলয়ে একাডেমিক কাউন্সিল,পরীক্ষা নিয়ন্ত্রণ কমিটি ও বিভিন্ন এক্সট্রা একাডেমিক কমিটিও রয়েছে। বিভিন্ন উপ-কমিটির মাধ্যমে শিক্ষকবৃন্দের মাধ্যে প্রশাসনিক দায়িত্ব বন্টন করা হয়।
বিদ্যালয়ের সার্বিক লেখা-পড়ায় অগ্রগতি এবং বিভিন্ন প্রশংসনীয় কার্যক্রমের জন্য ১৯৮৯ ও ১৯৯৪ সনে ফাকা বিভাগে মুকুল নিকেতন উচ্চ বিদ্যালয় শ্রেষ্ঠ মাধ্যমিক বিদ্যালয় হিসাবে জাতীয় পুরস্কার লাভ করে। ১৯৭০ সনে প্রতিষ্ঠিত এ প্রতিষ্ঠানটি আজ দেশের সর্বজনবিদিত অণ্যতম সেরা বিদ্যালয়ে পরিণত হয়েছে।
১৯৯৪ সালে (জাতীয় শিক্ষা সপ্তাহ) ময়মনসিংহ জেলার শ্রেষ্ঠ শিক্ষক হিসাবে মুকুল নিকেতনের তৎকালীন প্রধান শিক্ষক অধ্যাপক আমীর আহাম্মদ চৌধুরী রতন জাতীয় পুরস্কার লাভ করেন।
